drugbank数据下载拒绝
题主是否想询问“drugbank数据下载拒绝为什么”?网络服务器出了问题。DrugBank数据库是一个综合的数据库,是唯一将详细的药品数据(即化学,药理学和制药)与综合药物靶点信息(即序列,结构和作用通路)相结合的“生物信息学和化学信息学”资源,drugbank数据下载拒绝是由于网络服务器出了问题。解决的方法是:进行更换网络即可。
1,从现有的生物信息学工具开始,要熟悉如何利用先用的软件、网络服务器、数据库等等,为生物研究服务,不要做重复工作,能用现成的就不自己开发。
2,熟悉命令行的操作系统,DOS,Linux,可以编写简单的shell;进而能安装命令行级的程序,跑一些常规的流程。要学习如何寻找和安装软件,这是最重要也是最基本的技能。其实很多问题,如果找到合适的软件包,都是迎刃而解的。
3,熟悉一种简单的脚本语言,个人推荐用python,具体原因可以见我的帖子。在没有现成工具时,或需要数据格式转换时,小的脚本是非常有用的。一般的应用无需自己写太多的代码,要相信我们通常遇到的问题,别的高手可能早就遇到了,所以网络上有大量的工具包。至于更多的编程语言,一门精则门门通,R,perl等都是类似的。
4,熟悉简单的算法和数据结构的知识,这样就可以理解很多程序的内在机制,进而知道它们的优点和缺点,对自己写程序也有帮助。有精力的话,进而学习统计、机器学习等。。
5,在自己的生物领域内扩展,调研,分析,开发。
数据库打不开,有可能是网络服务器出了问题或者中毒了。
DrugBank数据库DrugBank是阿尔伯塔大学提供的一个生物信息学和化学信息学数据库,是一种独特的生物信息学和化学信息学资源,它将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来。
DrugBank最大的特色是它支持全面而复杂的搜索,结合DrugBank可视化软件,这些工具能让科学家们非常容易的检索到新的药物靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。
常用的生物信息学python库:
Tkinter
Python默认的图形界面接口。Tkinter是一个和Tk接口的Python模块,Tkinter库提供了对Tk API的接口,它属于Tcl/Tk的GUI工具组。
PyGTK
用于python GUI程序开发的GTK+库。GTK就是用来实现GIMP和Gnome的库。
PyQt
用于python的Qt开发库。QT就是实现了KDE环境的那个库,由一系列的模块组成,有qt, qtcanvas, qtgl, qtnetwork, qtsql, qttable, qtui and qtxml,包含有300个类和超过5750个的函数和方法。PyQt还支持一个叫qtext的模块,它包含一个QScintilla库。该库是Scintillar编辑器类的Qt接口。
wxPython
GUI编程框架,熟悉MFC的人会非常喜欢,简直是同一架构(对于初学者或者对设计要求不高的用户来说,使用Boa Constructor可以方便迅速的进行wxPython的开发)
PIL
python提供强大的图形处理的能力,并提供广泛的图形文件格式支持,该库能进行图形格式的转换、打印和显示。还能进行一些图形效果的处理,如图形的放大、缩小和旋转等。是Python用户进行图象处理的强有力工具。
Psyco
一个Python代码加速度器,可使Python代码的执行速度提高到与编译语言一样的水平。
xmpppy
Jabber服务器采用开发的XMPP协议,Google Talk也是采用XMPP协议的IM系统。在Python中有一个xmpppy模块支持该协议。也就是说,我们可以通过该模块与Jabber服务器通信,是不是很Cool。
PyMedia
用于多媒体操作的python模块。它提供了丰富而简单的接口用于多媒体处理(wav, mp3, ogg, avi, divx, dvd, cdda etc)。可在Windows和Linux平台下使用。
Pmw
Python megawidgets,Python超级GUI组件集,一个在python中利用Tkinter模块构建的高级GUI组件,每个Pmw都合并了一个或多个Tkinter组件,以实现更有用和更复杂的功能。
PyXML
用Python解析和处理XML文档的工具包,包中的4DOM是完全相容于W3C DOM规范的。它包含以下内容:
xmlproc: 一个符合规范的XML解析器。Expat: 一个快速的,非验证的XML解析器。还有其他和他同级别的还有 PyHtml PySGML。
PyGame
用于多媒体开发和游戏软件开发的模块。
PyOpenGL
模块封装了“OpenGL应用程序编程接口”,通过该模块python程序员可在程序中集成2D和3D的图形。
NumPy、NumArray、SAGE
NumArray是Python的一个扩展库,主要用于处理任意维数的固定类型数组,简单说就是一个矩阵库。它的底层代码使用C来编写,所以速度的优势很明显。SAGE是基于NumPy和其他几个工具所整合成的数学软件包,目标是取代Magma, Maple, Mathematica和Matlab 这类工具。
MySQLdb
用于连接MySQL数据库。还有用于zope的ZMySQLDA模块,通过它就可在zope中连接mysql数据库。
Sqlite3
用于连接sqlite数据库。
Python-ldap
提供一组面向对象的API,可方便地在python中访问ldap目录服务,它基于OpenLDAP2x。
smtplib
发送电子邮件。
ftplib
定义了FTP类和一些方法,用以进行客户端的ftp编程。如果想了解ftp协议的详细内容,请参考RFC959。
PyOpenCL
OpenCL的Python接口,通过该模块可以使用GPU实现并行计算。
具备德、智、体、美全面发展,具有较好的分子生物学、计算机科学与技术、数学和统计学素养,掌握生物信息学基本理论和方法,具备生物信息收集、分析、挖掘、利用等方面的基本能力,能在科研机构、高等学校、医疗医药、环境保护等相关部门与行业从事教学、科研、管理、疾病分子诊断、药物设计、生物软件开发、环境微生物监测等工作的高级科学技术人才。业务培养要求:学生主要学习生物信息学的基本理论和方法,受到相关科学实验和科学思维的基本训练,具有较好的分子生物学、计算机科学与技术、数学和统计学素养,具备生物信息的收集、分析、挖掘、利用等方面的基本能力,具有较好的业务素质。
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