Lefse分析不同软件做出的结果一样吗

Lefse分析不同软件做出的结果一样。这一步也是最关键的一步，统计显著差异的biomarker、统计子组组间差异、统计effectsizes，会生成res格式的文件，两组或两组以上的样本中采用的非参数因子KruskalWallis秩和检验检测出biomarker。

Lefse特点

LEfSe分析即LDAEffectSize分析，是一种用于发现和解释高维度数据生物标识的分析工具，基于上步的显著差异物种基因，进行两两组之间的秩和检验，检测出组间差异，线性判别分析对biomarker进行评估差异显著的物种的影响力，最终获得biomarker，基于第二大步的数据，绘制各种。