网上的生物信息学资源都有哪些

生物信息资源简介

生物信息（bioinformatics）中的“信息（-informatics）”指的是从海量的数据中进行挖掘，从而得到知识的过程，如下图所示。在这个过程中，会涉及到数据的管理，数据的运算，数据挖掘和建模仿真。其中，数据管理部分主要是数据库（database），数据的运算部分主要是指各种生物信息的软件（software tools）。这两部分是生物信息研究非常重要的资源，也是生信入门需要了解的基础知识。下面简要介绍一下这些资源。（本文根据北京大学生物信息学公开课程视频整理，来自视频截图）

根据不同的特点，可以把这些资源分成不同的类别。比如根据数据性质可以将database分为原始数据（Original data）数据库和二级数据（Secondary data）数据库。再比如根据软件是独立的工具还是网络服务器，可以将software tools分为standalone programs和web servers。

根据发布者的类别可以分为centralized resources和individual resources。比较大的centralized resources主要有NCBI（National Center for Biotechnology Information）， EBI（European Bioinformatics Institute）和UCSC（University of California Santa Cruz）Genome Browser。下面将分别介绍这三个最大的数据库以及其他的生物信息学数据资源。

1．NCBI简介

NCBI-Genome Database：

存储了目前绝大多数的被测序出来的基因组，目前有1000+基因组被测序出来。

NCBI-Nucleotide/protein (RefSeq):

将不同的版本作了整合之后的参考序列。其中NM_表示核酸序列，NP_表示蛋白序列。其中核酸给出了ID号，名称，物种，特征，编码区，序列等信息。蛋白还给出了功能区间信息。

NCBI-Gene：

以基因为单位，整合了pathway、variations、phenotype等信息。

对于Human genes而言，GeneCards比NCBI有更好的对人类基因、蛋白的注释（表达、相互作用、同源蛋白、功能、遗传变异等）。

NCBI-SRA

新一代测序技术的短序列database，每5个月数据就会翻倍。

NCBI-Taxonomy

把所有至少有一个基因被测序过的物种做的物种分类树，在所有被描述过的物种中有10%被测序过。

NCBI-PubMed

用于查阅文献。

NCBI-MeSH

（Medical Subject Heading）controlled vocabulary used for indexing articles for PubMed 结构化的词库。

NCBI-My NCBI

对于感兴趣的关键词，在NBCI设定之后，每周会推送相关文献，对于项目中跟踪文献非常有用。

NCBI-BLAST

NCBI最著名的工具，关于BLAST的两篇文章已经被引用了四万两千多次。不同版本的BLAST包括：

Online：NCBI-BLAST

Standalone：BLAST+

Embedded in webpage：wwwblast

2 EBI简介

EBI中的一些资源如表中所示：

EBI-Ensembl：

介于NCBI和UCSC之间的资源，整合很多物种的不同的资源。Ensembl中数量的类型包括：

EBI-UniProtKB

The Universal Protein Resource (UniProt) is a comprehensive resource for protein sequence and annotation data

（The UniProt Knowledgebase (UniProtKB) is the central hub for the collection of functional information on proteins, with accurate, consistent and rich annotation ）

UniProtKB -Swiss-Prot（已经过人工校对）

UniProtKB -TrEMBL（无人工校对）

EBI-IntAct

分子之间相互作用

EBI-Clustal Omega

多序列比对

EBI-InterProScan

输入一个序列，看是否包含目前已经知道功能的蛋白的区域

3 UCSC简介

以基因组为坐标。包含很多的track，包括：SNP，mRNA，剪切的EST，没剪切的EST，高通量的，通过Chi

网站是企业展示品牌形象、产品发布和实时信息的在线平台。它是企业线上所有流量的最终入口。一个好的网站需要配备一个好的服务器，可以保证网站的打开速度，内容的收录，关键词的优化排名等等。因此，在网站建设和制作过程中，对服务器进行优化是必不可少的。通常情况下，服务器的配置与网站的大小和用途密切相关。目前市面上网站选择服务器有两种方式：租赁和托管。今天睿酷营销就来介绍一下租用网站在服务器上的费用和收费标准。

企业网站服务器是网络上存储网站内容的站点，其收费标准与配置有关。配置越高，成本越高。其次，要看服务商的资质。品牌或者知名公司的价格会高一些，但是给客户的售后服务和保障会高很多。企业选择服务商合作，主要看服务器的应用行业及其重要性。如果是配置简单的纯展示类网站，一般服务商都可以合作。如果服务器的配置高，服务器的重要性比较大，那么就要和高级服务商合作，售后服务会更有保障。

租赁服务器配置有很多要素，如带宽、线路、高安全性系统、IP号、售后服务项目等。每个选项都有等级，不同的等级对价格影响很大。配置水平高，价格高。不同行业、不同类型、不同规模的网站需要租用不同的服务器配置。比如你想做一个小网站，只需要租一个虚拟主机或者云主机就可以了。费用比较低，估计一个月几十块钱。但如果要搭建大型游戏站或下载站，则需要高性能高配置的物理机，价格从几百元到几千元不等。

企业网站服务器租金多少？事实上，租金价格不是固定的。影响服务器租赁价格的因素有很多。企业或个人在选择独立服务器租赁时，一定要根据自己网站的需求进行选择和配置。关于服务器，网站安全尤其值得注意。为了服务器的正常运行，需要搭建网络安全防护，尤其是流量大的网站被攻击的概率更大。这些也是需要考虑的风险成本。

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服务器上架好以后服务商会给你服务器的IP用户名和密码你要本地电脑上点开始运行输入mstsc输入IP用户名和密码然后点连接即可远程登录服务器远程以后就会出现服务器的桌面和平时我们自己的电脑是一模一样的你可以根据自己的需要在上面安装软件配置环境等也可以让服务商帮你配置一些常用的环境若需要断开连接在服务器上的开始菜单中点关机然后选择断开即可

服务器租用应该注意的问题：

1服务器的配置和自己的需要 有的服务器的配置很好的 但是价格比较的高，有的服务器虽然便宜但是配置太差，会很卡的。所以要看的是服务器的性价比

2带宽，影响的是服务器的速度，这个很重要

3硬防，特别是游戏的服务器，受攻击的很多，所以硬防一定要好一点的

4空间商的服务，最好可以能够提供24小时技术支持的服务

5客户的口碑 在不知道怎么选择的时候，这是个很好的参考，不要不相信，造假也不会有那么多的人赞同