如果研究的方向是细菌或真菌的群落结构,测序的是某个biomarker,比如真菌的ITS,一台笔记本完全可以解决所有的问题。因为不需要组装基因组,所以不需要大量的计算力。之前OTU clustering可能需要用到大型计算机,现在算法改进了,也不需要了。目前需要的云计算的主要功能就是存储了吧,测序中心把数据存在学校的超算上,我们登录了去取回来。不过因为数据比较大(~10G),我还是习惯在服务器上做数据过滤(quality control)。但是所有的事情个人电脑目前都可以完成。
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对于生物信息,需要云计算提供什么样的功能呢?
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